Сезон 2007/08 Эндрю начал в АХЛ, однако большую часть сезона провёл уже в
ECHL, в клубе «Юта Гриззлис». Вместе с «Гриззлис» он сумел выйти в финал Национальной конференции. В сезоне 2008/09 Макдональд дебютировал в НХЛ, проведя три игры. Большую же часть сезона он провёл в «Бриджпорте». В январе 2009 года
Макдональд был пригашён уже на свой второй Матч всех звёзд АХЛ.
В сезоне 2009/10 Макдональду удалось закрепиться в основе «Айлендерс». Он провёл в регулярном сезоне 46 игр, в которых отметился семью результативными баллами. 17 декабря 2009 года Эндрю забросил свою первую шайбу в НХЛ, отличившись во встрече с «Нью-Йорк Рейнджерс»[1]. 25 февраля2010 года Макдональд подписал с «островитянами» новый четырёхлетний контракт[2].
4 марта 2014 года «Нью-Йорк Айлендерс» обменяли Макдональда в «Филадельфию Флайерз» на нападающего Мэтта Маньена, выбор в третьем раунде драфта-2014 и выбор во втором раунде драфта-2015[3].