Первенство Казахстана по футболу 1999 года — 5-й турнир Первой лиги, в котором приняли участие 8 клубов.
В число участников соревнований были включены все желающие команды. По 2 лучших клуба из обеих групп предварительного этапа вышли в финальный турнир.
На всех этапах соревнования проходили в Шымкенте в 1 круг. Финалистам были зачтены результаты матчей, сыгранных между ними в их предварительных группах.