Протеогеномика
Протеогеномика — это область
Методология
Основная идея протеогеномного подхода заключается в идентификации пептидов путем сравнения данных МС / МС с белковыми базами данных, которые содержат предсказанные белковые последовательности. Базы данных белков создается различными способами с использованием геномных и транскриптомных данных. Ниже приведены некоторые способы создания баз данных белков:
Шестирамочные трансляции
Для создания базы данных, которая предсказывает белковые последовательности, могут быть использованы шесть возможных трансляций двухцепочечной молекулы ДНК. Ограничением этого метода является то, что базы данных будут очень большими из-за количества генерируемых последовательностей, большинство из которых не существуют в природе.[1]
В этом методе белковая основа генерируется с помощью алгоритмов предсказания генов, которые позволяют идентифицировать области, кодирующие белок. База данных, созданная таким образом, похожа на базу данных, созданную с помощью шестирамочной транскрипции, тем, что может иметь очень большой размер.[1]
Другие методы
Белковые БД могут также быть созданы с использованием данных
К другому методу идентификации белков в протеогеномике относится сравнительная протеогеномика, которая основана на сравнении протеомных данных нескольких связанных видов одновременно и использует гомологию между их белками для улучшения аннотаций с более высокой статистической достоверностью.[6][7]
Применения
Среди многообразных применений протеогеномики улучшение аннотации генов у различных организмов. Как известно, генная аннотация включает в себя обнаружение генов и их функций.
Помимо улучшения аннотаций генов, протеогеномные исследования могут также предоставить ценную информацию о наличии запрограммированных сдвигов рамок считывания, удаление N-концевого остатка метионина, сигнальных пептидов, протеолиза и других посттрансляционных модификаций.[4][6]
Трудности
Протеогеномика может предложить методы идентификации пептидов, не имея проблемы в виде неполных и неточных белковых баз данных, с которой сталкивается протеомика; однако при использовании протеогеномного подхода возникают другие трудности.
Примечания
- ↑ .
- .
- ↑ Генетика. Энциклопедический словарь. — Минск: Белорусская наука. Картель Н. А., Макеева Е. Н., Мезенко А. М.. 2011.
- ↑ 1 2 Gupta N., Tanner S., Jaitly N., Adkins J.N., Lipton M., Edwards R., Romine M., Osterman A., Bafna V., Smith R.D., et al. Whole proteome analysis of post-translational modifications: Applications of mass-spectrometry for proteogenomic annotation. Genome Res. 2007;17:1362-1377.
- .
- ↑ 1 2 Gupta N., Benhamida J., Bhargava V., Goodman D., Kain E., Kerman I., Nguyen N., Ollikainen N., Rodriguez J., Wang J., et al. Comparative proteogenomics: Combining mass spectrometry and comparative genomics to analyze multiple genomes. Genome Res. 2008;18:1133–1142.
- ↑ Gallien S., Perrodou E., Carapito C., Deshayes C., Reyrat J. M., Van Dorsselaer A., Poch O., Schaeffer C., Lecompte O. ( 2009) Ortho-proteogenomics: multiple proteomes investigation through orthology and a new MS-based protocol. Genome Res 19, 128– 135.
- .
- .
Ссылки
- [fis.wikireading.ru/3046 Уиггинс Артур Протеомика: следующий рубеж]
Некоторые внешние ссылки в этой статье ведут на сайты, занесённые в спам-лист |